發(fā)表在歐洲心臟病雜志，針對心血管病臨床基因檢測的立場差異討論

近日，安智因生物醫(yī)學部負責人馬懿博士，聯(lián)合阜外醫(yī)院實驗診斷中心項目負責人楊航博士，以及華中科技大學同濟醫(yī)學院附屬同濟醫(yī)院心血管內(nèi)科的副主任醫(yī)師李宗哲博士，在IF為29.983的歐洲心臟病雜志（EHJ）上共同發(fā)表了名為“A laboratory viewpoint of the consensus paper from the European Society of Cardiology regarding the utilization of the American College of Medical Genetics and Genomics pathogenic criteria for cardiomyopathy”的文章，針對此前歐洲心臟病學會（ESC）發(fā)表的關(guān)于心肌病遺傳變異的解讀及可干預性的立場聲明中一些可能引起誤會的美國醫(yī)學遺傳學與基因組學學會（ACMG）解讀規(guī)則從臨床實驗室的角度進行討論。

前言

目前，心血管病領(lǐng)域的諸多指南和共識都承認基因檢測在遺傳性心血管病臨床實踐中應(yīng)用的重要價值及意義，并推薦對大部分疑似或確診的遺傳性心血管病患者進行基因檢測，這樣不但有助于明確診斷、鑒別診斷、輔助臨床診療，還可以對高危親屬進行篩查，以便排除患病風險低、無需臨床隨訪的親屬，并幫助鑒別患病風險高的親屬，提早診斷、預防和治療。另外，檢測到明確致病變異后，若有生育健康后代的需求，患者還可以通過產(chǎn)前診斷或植入前遺傳學診斷（PGD）進行指導，以減少相應(yīng)疾病遺傳給后代的風險。

部分指南或共識可能會單純從臨床實踐的角度或?qū)嶒炇一驒z測的角度出發(fā)進行推薦，而臨床醫(yī)生和實驗室解讀人員則可能更多地關(guān)注基于自己領(lǐng)域的共識與指南。而我們在日常與臨床溝通的過程中，也注意到了臨床醫(yī)生與實驗室解讀人員之間的部分觀點及概念差異。

圖1. 歐洲心臟病學會發(fā)表的關(guān)于心肌病遺傳變異的解讀及可干預性的立場聲明

這在主要由各國臨床專家組成的歐洲心臟病學會（ESC）此前在歐洲心臟病雜志（EHJ）上發(fā)表的關(guān)于心肌病遺傳變異的解讀及可干預性的立場聲明（圖1，下文簡稱為聲明）中得到了很好地說明，從基因檢測解讀實驗室的角度看，聲明中一些針對變異解讀的觀點和概念可能會導致誤解。因此，安智因生物醫(yī)學部負責人馬懿，聯(lián)合阜外醫(yī)院實驗診斷中心項目負責人楊航博士，以及華中科技大學同濟醫(yī)學院附屬同濟醫(yī)院心血管內(nèi)科的副主任醫(yī)師李宗哲博士在EHJ上共同發(fā)表了名為“A laboratory viewpoint of the consensus paper from the European Society of Cardiology regarding the utilization of the American College of Medical Genetics and Genomics pathogenic criteria for cardiomyopathy”的文章，旨在從臨床實驗室的角度針對聲明中變異解讀的一些可能引起誤會的美國醫(yī)學遺傳學與基因組學學會（ACMG）規(guī)則進行討論。

文章內(nèi)容

ESC最近發(fā)表的關(guān)于心肌病遺傳變異的解讀及可干預性的立場聲明強調(diào)了臨床參與在致病性解讀中的重要作用，這對臨床和實驗室團隊未來的遺傳學研究都有很大的指導意義。然而，從我們實驗室的角度來看，對于一些ACMG標準的使用可能考慮得不夠全面，容易導致一些誤解。

關(guān)于PM6的使用

聲明建議即使無癥狀父母一方無法進行檢測，也適用中等致病性證據(jù)PM6（假定為新發(fā)）。如圖2和圖3所示，該聲明建議即使只有無癥狀父母一方的變異呈陰性，而無癥狀父母另一方無法進行檢測（如已故），也應(yīng)使用PM6，可假定為新發(fā)。然而，假定為新發(fā)指的是假定身份為親生父母，而不是假定為新發(fā)的狀況。根據(jù)ACMG/ClinGen建議和臨床指南，必須先對父母雙方樣本進行檢測，且結(jié)果均為陰性，才能考慮為新發(fā)變異。但事實上，大多數(shù)心肌病具有外顯率不完全及與年齡相關(guān)的差異性表現(xiàn)度。在我們的日常臨床檢測中，觀察到基因型陽性-表型陰性家族成員（甚至在其60多歲時）的情況并不少見（圖4）。因此，假定所有已故的無癥狀父母都是非攜帶者并應(yīng)用PM6是不合適的。

圖2. 聲明中的圖片摘要。（紅色方框內(nèi)的是PM6標準）

圖3. 聲明中解讀標準PM6的詳細介紹

圖4. 美國醫(yī)學遺傳學和基因組學學會（ACMG）致病標準PM6的不當使用示例。

注：當無癥狀父母一方不能進行DNA檢測時，有兩種可能性。在大多數(shù)心肌病病例中，可能性1更常見，此時無法假定為新發(fā)，因此PM6不適用。

關(guān)于PP2的使用

此外，針對心肌病，此聲明似乎對于支持性致病性證據(jù)PP2可能存在過度使用的嫌疑。根據(jù)ACMG指南，PP2應(yīng)僅適用于良性錯義突變發(fā)生率低以及致病性錯義突變?yōu)槌Ｒ娭虏C制的基因中發(fā)現(xiàn)的錯義突變。ClinGen工作組建議考慮將PP2應(yīng)用于ExAC或gnomAD數(shù)據(jù)庫中針對錯義變異z評分>3.095的基因（評分越高表示相應(yīng)基因轉(zhuǎn)錄本更為保守，發(fā)生錯義變異后致病的可能性越大）。然而，大多數(shù)心肌病基因（如MYL2、LMNA、TNNT2和DES）的z評分都低于3.09，良性錯義突變并不罕見（圖5）。即使對于z評分為3.93的MYH7，ClinGen發(fā)布的針對肥厚型心肌病相關(guān)MYH7的特異性解讀規(guī)則中也不推薦使用PP2，因為良性錯義突變僅在關(guān)鍵功能域（頭部區(qū)域，氨基酸181-937）內(nèi)罕見，而此區(qū)域內(nèi)的變異已經(jīng)使用重要功能域的中等致病性證據(jù)PM1，因此不再適合使用PP2。但如圖6所示，PP2在聲明中被應(yīng)用于MYH7p.Arg1250Gly和p.Lys1459Asn，即頭部結(jié)構(gòu)域以外的變異。另外，PP2還被用于其他錯義突變是主要致病機制，但良性錯義突變并不罕見的心肌病致病基因（包括MYL2、LMNA、TNNT2和DES，見圖8）。因此，在聲明中PP2的應(yīng)用有些過于寬松，這可能會導致對致病性的高估。

圖5. 美國醫(yī)學遺傳學和基因組學學會（ACMG）致病標準PP2的不當使用示例。

注：根據(jù)gnomAD數(shù)據(jù)庫（https://gnomad.broadinstitute.org/）中觀察到的/預期的錯義變異計算的Z分值（Z），分值越大（如>3.09），說明轉(zhuǎn)錄本越保守，發(fā)生變異更可能致病。gnomAD中記錄的錯義/框內(nèi)插入缺失變異（下組）以及ClinVar中致病性/可能致病性（紅色）、臨床意義未明/沖突的（橙色）和良性/可能良性（藍色）變異（上組）的數(shù)量，也表明了所有基因中良性錯義變異相對頻繁。該數(shù)據(jù)來自ClinVar于2022年1月4日發(fā)布的數(shù)據(jù)，圖片改編自gnomAD數(shù)據(jù)庫。

圖6. 聲明中對MYH7頭部結(jié)構(gòu)域以外的錯義變異使用了PP2。

不使用PP2和PP5將改變聲明中一些基因變異的致病性等級

如聲明所述，由于各種原因（包括對主要證據(jù)的重復使用），ClinGen建議刪除支持性致病證據(jù)PP5和良性證據(jù)BP6（圖7）。事實上，如果不使用PP2和PP5這兩個支持性證據(jù)，聲明中引用的許多變異的原致病性將從可能致?。↙P）降為臨床意義未明的變異（VUS）（圖8）。在這種情況下，獲取額外的家系樣本和完整的臨床信息將是提高致病性的最快捷、最簡便的方法。

圖7. 聲明中解讀標準PP5和BP6的詳細介紹

圖8. 聲明中的PP2、PP5使用示例。

注：如果不使用紅色方框內(nèi)的PP2和PP5支持性致病證據(jù)，相應(yīng)的基因變異的致病性從一開始就達不到可能致病（LP），只能是臨床意義未明（VUS），對于后續(xù)的臨床指導暫時無明確意義。此前補充更多的臨床信息和樣本驗證就會成為提升位點致病性、得到陽性報告的最快捷便利的途徑。

總結(jié)

對于遺傳性心血管病、尤其是心肌病的臨床基因檢測，在變異解讀的過程中應(yīng)用ACMG致病性判斷規(guī)則時，可能都要略微謹慎一些，因為過高估計變異位點的致病性最終可能會導致不正確的臨床決策。對于攜帶VUS的患者，如果這些VUS變異高度懷疑是致病性的，但仍然缺乏一些致病性證據(jù)（如一個或兩個支持標準的證據(jù)）來達到可能致病性的分類，此時，定期的臨床隨訪和在其他有類似癥狀的家族成員中進行VUS變異篩查可能是有助于提高致病性的最為快捷便利的途徑。因此，正確的基因檢測報告需要臨床醫(yī)生與實驗室之間的密切溝通才可能實現(xiàn)。

作者的話

一直以來，臨床醫(yī)生對于基因檢測陽性報告的渴望與實驗室解讀人員對于變異致病性判讀的謹慎性之間就存在一定的意見差異。

與無法給予臨床任何指導意義的臨床意義未明變異（VUS）相比，臨床老師可能更希望看到更多的（可能）致病性變異，也因此希望使用更為寬松的致病性判讀規(guī)則將暫時還缺少一點致病性證據(jù)（如一個或兩個支持性致病證據(jù)）才能達到可能致病的VUS，通過增加一些可能目前不太適合使用或不太推薦使用的證據(jù)直接升為可能致病，如目前推薦放棄使用的PP5（其他權(quán)威實驗室認為該變異致病但無具體證據(jù)）和很多基因都不適合使用的PP2（基因上良性變異罕見且錯義變異為主要致病方式的新錯義變異）。但這樣做實際上可能面臨風險，畢竟，過高地估計變異位點的致病性最終可能會導致不太正確的臨床決策，包括治療方案及優(yōu)生優(yōu)育的選擇，從而引起糾紛。

對于臨床實驗室來說，在遺傳性心血管病、尤其是心肌病的變異解讀過程中應(yīng)用ACMG致病性判斷規(guī)則時，可能都要略微謹慎一些，畢竟這些疾病大多具有外顯率不全、表現(xiàn)度差異大、且遺傳異質(zhì)性等特點。因此，除了依賴國際普遍接受的ACMG基本解讀規(guī)則及ClinGen提出的基因或疾病特異性解讀規(guī)則外，臨床實驗室也應(yīng)綜合考慮到基因自身的特點、疾病的臨床及遺傳特征（外顯率及表現(xiàn)度）及此前的自身經(jīng)驗及內(nèi)部數(shù)據(jù)庫積累，針對某些基因及疾病適當?shù)剡M行規(guī)則的調(diào)整。

而對于致病可能性比較大的VUS位點，臨床實驗室應(yīng)該更加積極地與臨床老師進行溝通，盡可能地通過后續(xù)定期的臨床隨訪和在其他有類似癥狀的家族成員或親生父母中進行VUS變異篩查來幫助提高位點的致病性（如變異與患病家系成員間存在共分離，或無家族史患者攜帶的與疾病相關(guān)的新發(fā)變異等），這也是目前臨床基因檢測中最為快捷和便利的幫助提高報告陽性率的途徑。同時，臨床實驗室也應(yīng)對最新文獻進行追蹤，同時定期對此前數(shù)據(jù)進行再分析，以便發(fā)現(xiàn)更多科技發(fā)展帶來的新致病證據(jù)，從而使此前的報告更為精準。

安智因生物醫(yī)學部的全體解讀人員一直以來也是秉持著上述原則，積極與臨床醫(yī)生溝通，定期進行文獻更新與數(shù)據(jù)再分析，希望能夠為臨床及患者都提供更為精準的基因檢測報告與遺傳咨詢。

參考文獻

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編輯：彭鑫蕊

審校：趙燕檬