顧祝同去臺之初，開始還代理“國防部長”一職

顧祝同去臺之初，除了“參謀總長”與“陸軍總司令”外，開始還代理“國防部長”一職。1950年3月，蔣介石重新當上“大總統”，陳誠任“行政院長”。顧祝同的代理“國防部長”、“參謀總長”及“陸軍總司令”的職務，分別由郭寄嶠、周至柔和孫立人接替。

顧祝同在大陸任參謀總長與陸軍總司令期間，國民黨軍屢戰屢敗，從軍事上講，顧是要負一定責任的。所以到臺灣后，有人提出要彈劾顧祝同。因為，顧祝同在國民黨內的人緣不錯，再加上有老蔣的保護，所以，顧祝同在交出所有軍務實權外，并沒有再受什么處分。

顧祝同被免職后，心情很不好。他成天郁郁寡歡，把自己關在家里，說是要好好思過。蔣介石知道后，打電話來安慰他，要他到外邊去走走，不要太難為自己。從那以后，顧祝同的心情慢慢好起來。他偶爾到過去下屬或者朋友那里坐坐，聊聊天。遇到天氣好，就到臺北附近有名的風光名勝處看看。

沒過多久，顧祝同出任“總統府戰略顧問委員會副主任”，“總統府資政”、“國策顧問”等職。這些都是些只拿錢不干事的虛職。

1954年7月，顧祝同晉升為“陸軍一級上將”。1959年6月，顧祝同重新被任命為“國防會議秘書長”。

“國防會議”為國民黨的最高決策機構，由主要黨政軍機關的首腦組成，蔣介石親自主持，國民黨的一些重大決策，都是出此會議。顧祝同在“國防會議”當了八年的秘書長，足以說明蔣介石對他的重視與贊賞。這一點，顧祝同與其他去臺國民黨高官的命運是不一樣的。

1967年2月，“國防會議”改組為“國家安全會議”，顧祝同辭去“秘書長”職，再任“戰略顧問委員會副主任”。

1972年，81歲的顧祝同任“總統府戰略顧問”。四年后，又當上了“中央評議委員會主席團主席”。

1973年5月，82歲的顧祝同與何應欽一起參觀訪問了金門與澎湖諸島。顧祝同在金門時，特地參觀了炮兵工事，他看得非常認真仔細，直夸工事整修得堅固。

那天天氣很好，他舉著高倍望遠鏡，對著大陸方向，凝視了足有十幾分鐘，剛才還談笑風生的顧祝同，一下子變得沉默寡語。人們在一旁站著，也不敢打攪他。

顧祝同在想什么呢？是想他的故鄉江蘇漣水縣的顧家莊？還是回憶他留在大陸的親朋好友？

從炮兵陣地出來，顧祝同與何應欽一起談論在大陸的往事，談起了1925年的那場棉湖之戰。何應欽拉著顧祝同的手對別人說：“我的命可是顧上將撿來的，當時要不是他帶人沖得快，再晚半個小時，我就有可能去見閻王爺了。”

顧祝同說：“老長官，那不是我有功，是你的命大，老天爺不收你。”

顧祝同為人圓滑，工于心計，他沒有表現欲，干什么事不顯山露水，但頗有主見，這一點深得蔣介石贊賞。中原大戰后，顧祝同青云直上，被蔣介石任命為國民政府警衛軍軍長、第二軍團總指揮、江蘇省政府主席、國民黨中央執行委員。

爬到這樣的高位，從投靠蔣介石當上上尉副官算起，顧祝同只用了10年時間。后來，顧祝同被任命為湘、鄂、贛、粵、閩五省“剿匪”總司令，指揮部隊進攻工農紅軍和革命蘇區。因“圍剿”紅軍有功，顧晉升為陸軍二級上將。

抗日戰爭爆發，顧祝同擔任第三戰區司令長官，兼江蘇省政府主席。1938年1月，中國共產黨領導的新四軍在南昌成立，編入第三戰區，直屬顧祝同長官部領導。

第三戰區處在日軍三面包圍中作戰，顧祝同提出了穩定內部、持久防御、保存實力的作戰方針。1940年初，日軍將進攻重點轉向華北后，蔣介石掀起了第二次反共高潮，震驚中外的“皖南事變”，就是在這個時候爆發的，顧祝同留下最大污點。

日本投降后，國民黨的百萬大軍此時都布防在大后方，遠離大城市和經濟富庶的地區。而顧祝同的第三戰區部隊卻在華東一帶，南京、上海周圍。他得天時、地利、人和之便，按照蔣介石的命令，率先帶領部隊進入了寧滬杭。后來，他的部隊就一直駐扎在這一帶。

全國內戰爆發后，國民黨軍向各解放區發起了全面進攻，顧祝同先兼任鄭州綏靖公署主任，負責指揮中原作戰失敗，后任參謀總長。

1950年1月，蔣介石從臺北打來電話，要顧祝同飛臺北。顧祝同飛抵臺北后，蔣介石交待他，馬上去云南的蒙自，部署建立“滇西游擊基地”，同時將那里的主力部隊搶運到臺灣。顧祝同這次去蒙自執行蔣介石的這一命令時，卻差點被解放軍俘虜。

1987年1月17日，顧祝同在臺北去世，終年95歲。