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系列簡介
這是我們一系列原創技術貼,從易到難,每天學習一點。所有內容均為疾控數據分析、科研論文相關,或者說很多和現在的熱門監測預警相關,所以我們這個系列就叫“監測預警基礎”。
今天是第25節,再詳細講一下MEM的核心計算過程。
首先需要說明的是,一般情況下MEM的操作我們都是采用R或者類似軟件工具實現的,但是對于傳染病監測人員來說,直接使用R或在線工具雖然方便,但容易變成"黑箱操作",就是不理解過程和原理,結果就出來了。
我們首先教大家用Excel手動計算,有三大好處:
深入理解原理:每個計算步驟都親手完成,真正掌握MAP函數的內涵
數據質量把控:在計算過程中能及時發現數據問題,確保結果可靠性
理解參數調整:便于理解δ參數等關鍵設置對結果的影響
今天,我們就以某區縣流感每周病例數為例,完整重現MAP函數的計算流程。
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MAP函數的全稱是"最大累積和百分比",它的作用是自動找出一個流行季中,病例數最集中的連續周次,從而確定流行期的長度和位置。
計算公式如下:
p_j^r = t_j^r ÷ t_j^S
其中:p_j^r就是MAP函數值;分子t_j^r是連續r周的最大發病數累積和;分母t_j^S是整個流行季發病數總累積和。
這個公式的意義在于通過計算不同r值對應的累積和占比,找到病例數增長最集中的時段。
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一、第一步:準備基礎數據
比如有一個52周每一周的流感病例數這樣的數據
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二、第二步:計算不同r值的累積和(分子t_j^r)
這是最關鍵的一步,我們需要計算連續1周、2周、3周...直到52周的最大發病數累積和。記住,是最大發病數累計和,不是第1周、第2周的累計和,而是連續r周,r是連續的周次,以1周、2周作為連續幾周算最大發病數累計和。
r=1,就是52周中某連續1周最大的發病數的累計和,其實就是最大發病數那一周,
r=2,就是52周中某連續2周最大的發病數的累計和,其實就是最大發病數那一周和它上下某一周的累計和,上下周中哪一周大就加那一周。
理解還是比較好理解的,但是操作起來很難,有什么便捷的操作技巧嗎?
當然有!使用下面這個公式即可
=MAX(SUBTOTAL(9, OFFSET($B$2, ROW($1:$52) - 1, 0, D2, 1)))
我們對公式說明解釋一下:
OFFSET($B$2, ROW($1:$52)-1, 0, D2, 1):生成從每個起始周開始的連續 r周的數據范圍。
SUBTOTAL(9, ...):計算每個范圍的求和(9表示求和功能)。
MAX(...):取所有窗口累積和的最大值。
重要提示:此公式為數組公式,輸入后需按Ctrl+Shift+Enter確認(Excel會添加{}括號)。如果使用Excel 365或2021版,直接按Enter即可。
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三、第三步:計算總累積和(分母t_j^S)
這是MAP函數的分母,總累計和其實就是1-52周病例數的和。
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四、第四步:計算MAP函數值(p_j^r)
現在我們可以計算每個r值對應的MAP函數值了,其實就是分子除以分母。
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五、第五步:計算P值斜率(Δp_j^r)
斜率計算是確定流行期長度的關鍵。
1.操作:
在H列計算斜率
在H2單元格輸入公式:
=(H3-H2)*100(轉換為百分比)拖動填充柄完成計算
注意最后一個r值(52)沒有斜率值
2.斜率的流行病學意義:
斜率代表病例數累積速度的變化
隨著r增大,斜率會逐漸減小
當斜率首次低于某個閾值(δ)時,就找到了最優流行期長度
δ參數是MEM模型的"調節器",通常取值在2.0%-4.0%之間。初次計算可使用推薦值2.8%,如需優化,可在2.0%-4.0%間以0.1%為間隔測試,選擇靈敏度與特異度最均衡的值(約登指數最大)。
目前舉的例子中其實就是在H列(斜率列)中查找,找到第一個小于δ值的斜率對應的r值,本例中,當δ=2.8%時,r=14的斜率2.46%首次小于2.8%,因此確定流行期長度為14周。
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七、第七步:確定流行開始和結束時間
找到流行期長度后,最后一步是確定具體的流行時間范圍,回到原始數據中第14周累積和的計算結果,找到累積和最大的連續14周時段究竟是哪個時段,這個時段就是流行期。
本例中,第19-32周的累積和3721為最大值,因此流行開始周為第19周,流行結束周為第32周;流行前期為第1-18周,流行后期為第33-52周。
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好的,MEM的核心MAP函數我們就已經學會了,下一節我們講一講目標數據流行期閾值的設置。
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編輯:普通疾控人 | 審核:詩酒趁年華
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