大佬是怎么用TCGA數(shù)據(jù)做免疫分析的？

胰腺癌素有“癌王”之稱，對(duì)化療、放療乃至免疫治療都極為抵抗。其腫瘤微環(huán)境通常表現(xiàn)為免疫荒漠，缺乏能夠激活 T 細(xì)胞的樹突狀細(xì)胞，而抑制性 T 細(xì)胞（如Treg）卻大量存在，導(dǎo)致免疫系統(tǒng)無(wú)法識(shí)別和攻擊癌細(xì)胞。

胰腺炎相關(guān)的炎癥可能先于或與胰腺導(dǎo)管腺癌（PDAC）同時(shí)發(fā)生（Inflammation and tissue damage associated with pancreatitis can precede or occur concurrently with pancreatic ductal adenocarcinoma）。2024年6月，Science期刊發(fā)表題為Type I conventional dendritic cells facilitate immunotherapy in pancreatic cancer的研究論文，發(fā)現(xiàn)胰腺炎（胰腺發(fā)炎）雖然會(huì)加速胰腺癌發(fā)展，但改善了免疫治療效果。

研究發(fā)現(xiàn)，伴隨胰腺炎的胰腺癌（ptPDAC）中，經(jīng)典型樹突狀細(xì)胞(cDC1)被大量激活，它們能激活免疫系統(tǒng)識(shí)別并攻擊癌細(xì)胞。研究人員開發(fā)出一種 cDC1疫苗，聯(lián)合免疫檢查點(diǎn)抑制劑（如抗CTLA-4 + 抗PD-1），在多種小鼠模型中實(shí)現(xiàn)胰腺癌的完全消退，甚至建立長(zhǎng)期免疫記憶。

用人類患者數(shù)據(jù)驗(yàn)證，DC多，活得久。左上圖：組織切片圖，顯示CD11c+ DCs（棕色）與CD8+ T 細(xì)胞（紅色）緊密相鄰。右上圖：點(diǎn)狀分布圖，顯示CD11c+ DC數(shù)量與CD8+ T 細(xì)胞數(shù)量呈強(qiáng)正相關(guān)。下圖：兩條生存曲線。cDC1高表達(dá)的患者，生存期顯著更長(zhǎng)。僅有CD8+ T 細(xì)胞多不足以預(yù)測(cè)生存。通過(guò)120例胰腺癌患者的組織樣本分析，發(fā)現(xiàn)腫瘤中CD11c? DC越多，患者生存期越長(zhǎng)；通過(guò)TCGA數(shù)據(jù)挖掘證實(shí)，cDC1特異性標(biāo)志物（如BATF3）高表達(dá)的患者，預(yù)后明顯更好。

芒果之見：轉(zhuǎn)化是提升研究意義的關(guān)鍵，作者用TCGA數(shù)據(jù)做免疫浸潤(rùn)分析，探究免疫細(xì)胞標(biāo)志物和免疫細(xì)胞對(duì)預(yù)后的影響，而且從泛癌角度出發(fā)，提供了數(shù)據(jù)挖掘的新思路。