如何繪制蛋白繪圖動(dòng)畫？

PyMOL作為在結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究中最常用的三維可視化工具，它功能強(qiáng)大、渲染效果精美，是許多科研論文figure的標(biāo)準(zhǔn)來源。它雖能出精美論文圖、功能強(qiáng)，但安裝授權(quán)費(fèi)時(shí)間，命令行操作更是難住不少新手。

如果你的目標(biāo)是快速瀏覽結(jié)構(gòu)、在論文中繪制分子圖，或在匯報(bào)中展示可旋轉(zhuǎn)的3D模型，其實(shí)不用這么復(fù)雜！——www.kjbiorpa.com 就能在瀏覽器中完成這一切。

實(shí)操展示

01

網(wǎng)站入口

1.瀏覽器輸入：www.kjbiorpa.com,點(diǎn)擊"AI互作分析"按鈕

為方便廣大用戶使用，我們以“蛋白-配體互作”類型為例，進(jìn)行一系列操作流程及相關(guān)界面的展示說明：

02

數(shù)據(jù)輸入

選定具體的互作類型后，如上圖所示的內(nèi)容中我們可以選擇輸入的數(shù)據(jù)形式，有“PDB ID”和“上傳PDB文件”可供選擇，我們以上傳PDB文件為例進(jìn)行展示：

數(shù)據(jù)輸入完成后，上圖所示點(diǎn)擊“隱藏高級(jí)選項(xiàng)”，我們可以根據(jù)具體的分析需求勾選對(duì)應(yīng)的參數(shù)項(xiàng)目，在輸入框中我們同樣可以適當(dāng)調(diào)整參數(shù)，設(shè)置好后直接點(diǎn)擊“分析”進(jìn)行下一步操作。

03

核心作用力分析：疏水、氫鍵、鹽橋

點(diǎn)擊“報(bào)告可視化”，在該界面中我們可以看到數(shù)據(jù)文件的分析結(jié)果，下滑結(jié)果內(nèi)容，我們能看到諸如常規(guī)的“Hbond”、“hydrophobic”即氫鍵、親疏水作用等常規(guī)的分析結(jié)果，默認(rèn)勾選“Hbond”和“hydrophobic”，右側(cè)“分子結(jié)構(gòu)可視化”結(jié)果中，用戶可以根據(jù)需求對(duì)最終展示的分析結(jié)果進(jìn)行圖示的設(shè)置。

04

分子互作復(fù)合體結(jié)構(gòu)：個(gè)性化分析

復(fù)合體結(jié)構(gòu)展示按鈕

復(fù)合體結(jié)構(gòu)可視化操控面板

對(duì)應(yīng)的分析結(jié)果及圖示類型設(shè)置結(jié)束后，點(diǎn)擊“render”，在如上圖所示的3D分子視圖中，點(diǎn)擊視圖結(jié)果中的全屏展示，顯示更多的分析細(xì)節(jié)。

在視圖結(jié)果中，我們能直觀地看到配體與蛋白結(jié)合的氨基酸殘基位置及氫鍵的直觀信息。點(diǎn)擊界面左邊欄的“state tree”，可以在更多的展示細(xì)節(jié)中對(duì)相應(yīng)的部分進(jìn)行隱藏/展示操作，用戶可以根據(jù)需求進(jìn)行個(gè)性化取舍。

復(fù)合體結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)展示按鈕

點(diǎn)擊“render residue”即可顯示配體與蛋白結(jié)合的殘基信息。接下來輸出分析結(jié)果便于用戶后續(xù)對(duì)可視化結(jié)果進(jìn)行圖像的繪制操作，點(diǎn)擊上圖中的“Screenshot/State Snapshot”可將可視化結(jié)果導(dǎo)出。

圖片導(dǎo)出按鈕

如果需要導(dǎo)出的文件沒有背景則可將“Transparenr”設(shè)置為“on”。注意，這里下載的文件是圖片文件，無法進(jìn)一步在該在線工具中進(jìn)行修改編輯。

05

視圖原始文件導(dǎo)出按鈕

如需在該在線工具中對(duì)可視化結(jié)果進(jìn)行編輯，需在該界面中下載能進(jìn)行下一步編輯操作的文件形式，點(diǎn)擊“download state”下載對(duì)應(yīng)的文件結(jié)果。

視圖文件二次查閱-上傳按鈕

將下載的文件結(jié)果解壓后得到三種文件類型，其中后綴為“mvsj”的文件可在上圖的對(duì)應(yīng)位置打開。進(jìn)行對(duì)應(yīng)的操作。后綴為“molj”的文件則需在上圖位置中“state”中打開。

復(fù)合體結(jié)構(gòu)美化操作界面

點(diǎn)擊上圖中的“export pics”將可視化結(jié)果加載到“繪圖輸出”中即可進(jìn)行圖片的編輯。

點(diǎn)擊“繪圖輸出”即可對(duì)圖片進(jìn)行編輯，當(dāng)圖片有多個(gè)視圖時(shí)，左邊欄可以調(diào)整是否隱藏試圖及視圖的層級(jí)。右邊欄可以根據(jù)提示對(duì)圖片進(jìn)行對(duì)應(yīng)的個(gè)性化編輯調(diào)整。

精細(xì)化繪圖：氨基酸殘基

結(jié)合的作用力的圖：疏水、氫鍵、鹽橋等

06

蛋白質(zhì)改色操作教程

07

動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)制作和導(dǎo)出操作教程

科晶服務(wù)

算力類

從頭設(shè)計(jì)類

合肥科晶生物致力于計(jì)算機(jī)虛擬篩選推動(dòng)生物學(xué)發(fā)展，擁有強(qiáng)大的服務(wù)器和先進(jìn)的生物算法，專注于攻克復(fù)雜的分子對(duì)接問題，將為您的科研項(xiàng)目帶來前所未有的加速和突破。