生活作息超重要！港大、哈佛等聯(lián)合Nature | 一生中積累的突變最終導(dǎo)致了胃癌！

根據(jù)國(guó)家癌癥中心的最新數(shù)據(jù)，我國(guó)胃癌的年發(fā)病人數(shù)已超過(guò) 35 萬(wàn)，新發(fā)病例占全球近 40%，位居全球前三。盡管胃癌總體發(fā)病率在老年群體中仍占主導(dǎo)（40歲以上患者占80%以上），但多項(xiàng)研究指出，年輕人胃癌的發(fā)病率呈現(xiàn)顯著上升趨勢(shì)。

幾十年來(lái)，科學(xué)家們一直明白突變?cè)诎┌Y發(fā)生（即致癌過(guò)程）中扮演著重要角色。但較少人關(guān)注的是，在癌癥真正形成之前，正常組織中發(fā)生的突變?cè)诙啻蟪潭壬蠟榘┳儭颁伮贰薄ｋS著年齡增長(zhǎng)，我們體內(nèi)會(huì)不斷積累突變。這些突變可以改變正常細(xì)胞的狀態(tài)。而理解這些突變是如何以及為何發(fā)生的，將為我們揭示癌癥發(fā)生和衰老等過(guò)程提供重要線索。

為此，2025年3月19日，Nature在線發(fā)表了一篇題為“The somatic mutation landscape of normal gastric epithelium”的研究文章，該研究對(duì)來(lái)自30位個(gè)體（其中18位患有胃癌）的238個(gè)胃組織顯微切割樣本進(jìn)行了全基因組測(cè)序，系統(tǒng)地描繪了正常與癌變胃上皮的發(fā)育軌跡。

研究發(fā)現(xiàn)，胃腺體由單克隆細(xì)胞群組成，這些細(xì)胞每年大約積累28個(gè)體細(xì)胞單核苷酸突變，主要由體內(nèi)自然發(fā)生的突變機(jī)制所致。在胃癌患者中，化生腺體通常表現(xiàn)出更高的突變負(fù)荷，其原因可能與細(xì)胞增殖加速和氧化損傷相關(guān)的突變機(jī)制增強(qiáng)有關(guān)。這些突變克隆隨年齡增長(zhǎng)而逐漸擴(kuò)張，到60歲時(shí)可占據(jù)大約8%的胃上皮表面。

胃上皮的突變率

本研究納入了來(lái)自香港、美國(guó)和英國(guó)的30位供體（18位胃癌患者，12位無(wú)胃病變者），通過(guò)全基因組測(cè)序分析了共238個(gè)胃腺體（其中217個(gè)來(lái)自正常組織，21個(gè)來(lái)自胃癌組織），并對(duì)額外的829個(gè)胃腺體進(jìn)行了癌基因的靶向測(cè)序。研究發(fā)現(xiàn)，胃腺體通常為單克隆結(jié)構(gòu)，且體細(xì)胞突變隨著年齡線性增長(zhǎng)：在無(wú)胃病變者中，胃腺體干細(xì)胞每年平均積累約27.8個(gè)單核苷酸變異（SNV）和2.0個(gè)小插入/缺失（indel），這主要源于內(nèi)源性突變機(jī)制。

圖1. 克隆和突變率

在胃癌患者中，尤其是發(fā)生腸化生（intestinal metaplasia, IM）的腺體，突變負(fù)荷顯著升高，同時(shí)伴有更高的變異等位基因頻率。并在解剖上鄰近的組織中呈現(xiàn)出克隆擴(kuò)張現(xiàn)象。但同一供體中不同部位的腸化生腺體系統(tǒng)發(fā)育上并無(wú)明顯關(guān)聯(lián)，提示腸化生可能在多個(gè)部位獨(dú)立誘導(dǎo)形成。

此外，研究還發(fā)現(xiàn)，胃腺體中端粒每年平均縮短約38個(gè)堿基，而在中重度炎癥背景下，端粒長(zhǎng)度平均進(jìn)一步縮短570個(gè)堿基。相比之下，來(lái)自胃癌組織的腺體具有更高的突變負(fù)荷，明顯高于正常和腸化生腺體。這些數(shù)據(jù)揭示了體細(xì)胞突變?cè)谡！┣昂桶┳兘M織中的演化軌跡，突出了腸化生作為癌變關(guān)鍵前驅(qū)狀態(tài)的重要性。

圖2. 胃段，慢性炎癥和化生

突變標(biāo)簽和流程

突變特征（mutational signatures） 是特定突變機(jī)制在基因組中留下的模式。目前，癌癥和正常細(xì)胞中已識(shí)別出70多種單堿基替換（SBS）特征。本研究利用胃腺體的全基因組突變數(shù)據(jù)，提取出9種突變特征（SBS1、SBS2、SBS3、SBS5、SBS13、SBS17a、SBS17b、SBS18、SBS28），均為既往已知特征：

SBS1：源于5-甲基胞嘧啶的自發(fā)脫氨；

SBS2/SBS13：與APOBEC脫氨酶相關(guān)，僅見(jiàn)于PD41759的腫瘤；

SBS3：與同源重組修復(fù)缺陷相關(guān)，僅在PD41759中檢測(cè)；

SBS5/SBS40：致因不明，可能為內(nèi)源性；

SBS17a/SBS17b：致因不明，可能與化療藥物5-FU或氧化應(yīng)激相關(guān)；

SBS18：與活性氧引起的DNA損傷相關(guān)；

SBS28：致因未知。

在正常胃腺體中，突變主要?dú)w因于SBS1、SBS5/40和SBS18，與年齡呈線性相關(guān)。腸化生腺體中突變負(fù)荷增加，主要由SBS1和SBS18的累積造成。

圖3. 突變特征

對(duì)于插入/缺失突變（indels），常見(jiàn)ID1和ID2（源于聚合酶滑移），以及ID5和ID9（起因不明）。腸化生腺體中ID1和ID2數(shù)量顯著增加，且ID2/ID1比例升高，接近胃癌組織的突變特征。

部分胃癌患者的正常胃腺體中檢測(cè)到低水平的SBS17a和SBS17b，這些特征通常與腫瘤細(xì)胞相關(guān)，但也曾在正常B淋巴細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)，提示胃上皮可能更容易生成這些突變。

胃癌組織的腺體突變譜與正常胃腺體顯著不同，除了常見(jiàn)的突變特征外，還富集了SBS17a/b、SBS3、SBS2/13及若干未知致因的indels。

胃黏膜腺體中的復(fù)發(fā)性三體性

在217個(gè)正常胃腺體中，73個(gè)檢測(cè)到體細(xì)胞拷貝數(shù)變異（CNVs）或結(jié)構(gòu)變異，頻率顯著高于其他正常細(xì)胞類(lèi)型。這些變異在胃上皮中主要表現(xiàn)為染色體內(nèi)缺失，常涉及脆弱位點(diǎn)如FHIT、PTPRD和MACROD2，且多數(shù)為三體變異，主要涉及13號(hào)和20號(hào)染色體。

這些三體事件常在個(gè)體中獨(dú)立發(fā)生，且發(fā)生在類(lèi)似年齡段。例如，在64歲胃癌患者PD40293的12個(gè)胃腺體中，9個(gè)存在CNVs，三體事件主要發(fā)生在20號(hào)和13號(hào)染色體。通過(guò)分析推測(cè)，20號(hào)染色體的三體大多在12歲前形成，13號(hào)三體在22歲前，17q的cnn-LOH在35歲前。

圖4. CNVs和復(fù)發(fā)性三體

進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，三體事件在胃體和胃底區(qū)域更為集中，且與慢性嚴(yán)重炎癥顯著相關(guān)。年齡、腸化生和胃癌與三體事件無(wú)顯著關(guān)聯(lián)。綜上，染色體三體事件可能在特定生命階段突發(fā)，局限于特定胃部區(qū)域，與慢性炎癥相關(guān)，可能與病原體暴露或感染有關(guān)。

胃腺中的驅(qū)動(dòng)突變

研究者對(duì)217個(gè)胃腺體的全基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行補(bǔ)充，針對(duì)829個(gè)多克隆微切片中的321個(gè)已知癌基因進(jìn)行靶向測(cè)序。結(jié)果發(fā)現(xiàn)七個(gè)基因顯著處于正向選擇下（q < 0.1），包括ARID1A、ARID1B、ARID2、CTNNB1、KDM6A、LIPF和EEF1A1，其中LIPF和EEF1A1在胃癌中的突變頻率較低。CTNNB1的突變主要為蛋白質(zhì)終止性突變，與胃癌中的熱點(diǎn)錯(cuò)義突變不同。

圖5. 驅(qū)動(dòng)突變

某些驅(qū)動(dòng)突變集中在特定區(qū)域，例如，PD42790樣本中，CTNNB1的三次框移突變發(fā)生在毫米范圍內(nèi)，顯示出強(qiáng)烈的局部選擇壓力。盡管BRAF、KRAS等常見(jiàn)驅(qū)動(dòng)突變未達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性，TP53和PIK3CA突變未在正常胃腺體中發(fā)現(xiàn)。

突變主要集中在單一微切片，且在慢性炎癥嚴(yán)重的腺體中更常見(jiàn)，提示慢性炎癥可能促進(jìn)突變克隆的生長(zhǎng)。突變克隆的分布與年齡和慢性炎癥相關(guān)，但與腸化生無(wú)顯著關(guān)系。

總結(jié)

綜合來(lái)看，該研究提示，化生是一種關(guān)鍵的細(xì)胞“重編程”事件，會(huì)加速突變積累，早在腫瘤形成之前便為癌變埋下伏筆。這項(xiàng)研究提供了詳盡的突變圖譜，但突變不一定直接改變細(xì)胞的功能。

研究還發(fā)現(xiàn)，慢性嚴(yán)重炎癥與胃腺體驅(qū)動(dòng)突變數(shù)量及突變上皮比例升高顯著相關(guān)，表明慢性炎癥在塑造前腫瘤選擇景觀中起重要作用。不同捐贈(zèng)者間的突變比例差異可能反映選擇壓力的個(gè)體差異。該研究表明，胃上皮突變景觀與其他胃腸道上皮細(xì)胞有所不同，可能受細(xì)胞生物學(xué)、組織結(jié)構(gòu)、腸道內(nèi)容和未知因素的影響，共同塑造突變景觀。

總的來(lái)說(shuō)，這項(xiàng)研究深化了我們對(duì)正常組織中突變積累方式的理解，也重新定義了癌癥發(fā)生前“準(zhǔn)備階段”的分子圖景。研究強(qiáng)調(diào)了研究致癌機(jī)制時(shí)，必須同時(shí)關(guān)注正常組織的遺傳與表觀遺傳背景，而非僅聚焦于腫瘤組織本身。

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