選題巧妙，干濕結合！網絡毒理學范文來了

檳榔堿是檳榔中含量最高的生物堿，脂溶性，半衰期長，可在毛發(fā)、乳汁、尿液中檢出。2021年，檳榔堿被列為 2B 類致癌物，此前檳榔本身已是 1 類。肺腺癌（LUAD）是全球發(fā)病率 12.4%，死亡率 18.7%，五年生存 <20%，在我國尤其是湖南、云南等地高發(fā)。除吸煙、空氣污染外，飲食因素（亞硝酸鹽、反式脂肪…）被高度關注，但檳榔堿與 LUAD 的因果證據一直空白。

2025年4月，西湖大學醫(yī)學院附屬杭州市第一人民醫(yī)院轉化醫(yī)學研究中心，是一篇很好的網絡毒理學范文。題目為Assessing the carcinogenic potential and molecular mechanisms of arecoline in human lungs: from in silico methods to in vitro validation。有篩選，有驗證，還有機制，值得借鑒！

作者用“網絡毒理學+分子對接+動力學+SPR”四連擊，首次系統(tǒng)證實檳榔主活性成分——檳榔堿（arecoline）可通過直接“鎖死”肺腺癌（LUAD）核心蛋白 PTGS2 等 24 個靶點，激活 PI3K-Akt 通路并重塑免疫微環(huán)境，從而促進肺腺癌發(fā)生、惡化與免疫逃逸；研究同時給出 4-基因（ACHE/CCNA2/COMT/PTGS2）預后模型，為檳榔相關肺癌的早篩與干預提供新靶點。

研究設計流程圖：

Arecoline 化學信息收集 → 四大化合物庫找靶點 → 疾病庫找 LUAD 基因 → 交集得 108 蛋白 → STRING 建 PPI 網絡 → Cytoscape 拓撲篩選 24 核心蛋白 → 分子對接（AutoDock）→ 動力學 100 ns 模擬（Desmond）→ SPR 親和力驗證 → GO/KEGG 功能富集 → TCGA+GEO 表達 & 預后 → 構建 4-基因風險模型 → 免疫浸潤 & 免疫治療預測（TIDE 算法）。

結果拆解：

一、靶點篩選：24 個“核心蛋白”：從 14 萬可能中鎖定 108 個“檳榔堿-LUAD”共同靶點，PPI 網絡再次精選 24 個核心蛋白。計算24個核心蛋白的degree值，找出TOP10。

二、分子對接+動力學：檳榔堿“鎖死”PTGS2。與 24 個蛋白結合能均＜-4.25 kcal/mol；其中 14 個＜-5 kcal/mol（中強），其中PTGS2 親和力最強（-5.947 kcal/mol），兩者能形成 1 條經典氫鍵 + 4 條碳氫鍵。

100 ns 動力學顯示：RMSD 60 ns 后穩(wěn)定在 3.6-4.8 ?，復合物穩(wěn)如老狗。

三、SPR 體外驗證：KD=10.47 μM。芯片固定 His-PTGS2，6 個濃度梯度注射，穩(wěn)態(tài)擬合 KD 10.47 μM（＜10 μM 屬于強結合），實錘“直接互作”。

四、通路富集：癌癥+免疫雙重打擊。首先作者將108靶點進行富集分析：PI3K-Akt、鈣信號、化學致癌受體激活、炎癥小體、低氧應答等。然后24個核心靶點額外富集，如IL-17、C-型凝集素受體-提示檳榔堿可重塑免疫微環(huán)境。

五、臨床意義：4-基因Signature可預測生存 & 免疫療效。TCGA 506 例 LUAD：PTGS2/CCNA2/COMT 高表達 → 預后差；ACHE 高表達 → 預后好。多變量獨立預后：ACHE、CCNA2、COMT、PTGS2。構建風險打分 = (-0.404×ACHE) + (0.644×CCNA2) + (0.636×COMT) + (0.403×PTGS2)，高危組 5 年，生存率顯著降低（HR=2.22）。

免疫層面：低風險組免疫浸潤高、TMB 低、TIDE 評分低 → 對免疫檢查點抑制劑（ICB）響應更好。

總結：這篇文章首次用“網絡毒理學+多尺度模擬+SPR”貫通式策略，把檳榔堿與肺腺癌的分子鏈條完整呈現(xiàn)，發(fā)現(xiàn) PTGS2 是檳榔堿致肺癌的“阿喀琉斯之踵”，提供可成藥靶點。建立簡便 4-基因預后模型，可直接套用到現(xiàn)有轉錄組數(shù)據，為湖南/海南等檳榔高消費地區(qū)的肺癌早篩提供工具。

從公共數(shù)據庫到功能實驗，再到臨床轉化，完全可 1 人 1 篇 2 區(qū) Top，只要你能像作者一樣把故事講完整即可。如果后續(xù)研究能加類器官或動物體內驗證：用 BEAS-2B 細胞、人源肺類器官、小鼠長期檳榔堿暴露模型，確認惡性轉化能否被 PTGS2 抑制劑逆轉。補全濕實驗環(huán)節(jié)，是完全可以搏一搏沖刺一區(qū)的。