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      EMBO J|PANDORA-seq揭示精子衰老隱秘時鐘:rsRNA“越老越長”

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      精子衰老,究竟是 持續、緩慢 隨 時間累積,還是在中年階段發生 “ 斷崖式 ” 重塑 ?近日,來自猶他大學和內華達大學等合作團隊Qi Chen/Tong Zhou/Kenneth Aston在 The EMBO Journal 發表題為

      Conserved shifts in sperm small non-coding RNA profiles during mouse and human aging
      的論文,利用其團隊開發的 PANDORA - seq 技術,克服了常規測序中由于 RNA 修飾帶來的檢測偏倚,首次在小鼠和人類精子中發現了基于小RNA隱秘衰老時鐘研究發現,精子頭部 rsRNA 隨年齡呈現 “ 越老越長 ” 的 系統性 漂移,而整體小 RNA 圖譜 則 在中年出現明顯的 “ 斷崖式 ” 重塑 。這一發現為理解生殖衰老軌跡中 漸進 變化與斷崖式變化并存 的分子軌跡提供了新的視角。



      一、從 “ 看不見 ” 的 RNA ,到精子衰老的 Aging Cliff

      過去 20 多年的研究已經知道精子不僅攜帶 DNA ,還攜帶 多 種 RNA 及其修飾組成的表觀信息,這些 RNA 及修飾受父代環境調控,并通過調節胚胎發育對后代健康產生影響。本文研究團隊在 2019 年提出 ‘ sperm RNA code’ ( 精子 RNA 編碼指紋 ) 的概念【1】,以描述精子 RNA 的復雜多樣性以及對各種環境的不同響應。隨后團隊意識到精子里含量最多的小 RNA 類型( tsRNA 和 rsRNA )含有高比例的 RNA 修飾。這些修飾會阻礙測序建庫過程中 adapter 連接效率和逆轉錄酶的延伸,導致 傳統小 RNA 測序方法無法有效捕捉到這些關鍵分子 。 為了解決這個問題,團隊之前開發了 PANDORA - seq【2】,通過 去除 RNA 修飾帶來的測序偏倚,讓原本 “ 隱身 ” 的小 RNA 被真實捕捉到 ( ) 。

      在這次

      EMBO J
      的工作中3】,研究團隊首先用 PANDORA - seq 對 10 ~ 90 周齡小鼠 ( 對應 人類從青年到老年的主要年齡階段 ) 的成熟精子,以及純化的精子頭部 ( 攜帶細胞核和染色質的部分 ) 分別進行了系統測序 分析 。結果顯示,成熟精子及精子頭部的小 RNA 的組成均表現出非勻速變化,而是在 約 50 ~ 70 周齡 ( 對應人類 40 ~ 50 歲的中年 階段 ) 附近出現了一個 陡峭 的轉折點 : 精子 tsRNA/rsRNA 的整體組成發生了 劇烈的變化。 文章將其描述為 Aging Cliff (衰老斷崖) 。

      值得注意的是,如果采用傳統小 RNA 測序,這種“斷崖式”轉折幾乎無法被檢測到;而在 PANDORA - seq 校正了 RNA 修飾 造成 的建庫與檢測偏倚后 ,這一關鍵信號才得以清晰呈現, 凸顯了 新技術 對于 揭示新的生物學現象 的 關鍵作用。

      二、精子頭部中特異發現 : rsRNA“ 越老越長 ”

      Aging Cliff 只是故事的一半。

      當團隊對完整成熟精子和精子頭部 RNA 進一步深度分析后,發現一個更耐人尋味的現象: 只有在精子頭部( 傳遞父源遺傳物質的核心區域 )中 , rsRNA 的長度分布隨年齡增長發生系統性漂移 —— 長片段比例逐漸升高,短片段則逐漸下降 。

      更有意思的是,這種 rsRNA 越老越長的現象并非小鼠獨有。 兩個 獨立的人類精子衰老隊列 ( human aging cohorts ) 中均觀察到了高度相似的 rsRNA 長度漂移模式。這表明, rsRNA 長度漂移 可能 是一個 跨物種保守 的精子衰老分子特征。

      關鍵 的一點是:這種 rsRNA 長度漂移信號, 在完整精子(頭 + 尾)樣本里無法被檢測到, 只有聚焦到 精子頭部 之后, 信號 才變得清晰可見。 這提示,深埋于細胞核 / 染色質中的精子頭部 RNA ,可能在受精后發揮著更為獨特的作用。

      在機理層面, 該 現象 暗示了負責 rs RNA 加工 、 剪切 或穩定性 的關鍵酶類可能在衰老過程中發生了改變。未來若能鑒定并操控這些關鍵酶,或許將為干預甚至逆轉精子衰老提供新的可能。

      三、線性漸進 vs 中年斷崖:量變引起質變?

      該研究 最 引人深思之處在于揭示了精子衰老的雙重特點:

      特點一:rsRNA長度漂移如同一座線性的分子時鐘,在后臺悄然累積;

      特點二:整體RNA圖譜在中年時期經歷斷崖式劇變。

      這提示我們,生殖衰老可能并非單一維度的過程?;蛟S正是那些長期、隱秘的 漸進式改變 ( rsRNA 長度變化),在 累積到 某個閾值后, 引發 了系統性的中年斷崖。這一發現為評估男性生育力提供了潛在的分子標尺,也為探索衰老的普遍規律提供了新的思考方向。

      https://link.springer.com/article/10.1038/s44318-025-00687-8

      制版人: 十一

      參考文獻

      1. Zhang Y, Shi J, Rassoulzadegan M, Tuorto F, Chen Q . Sperm RNA code programmes the metabolic health of offspring.

      Nature Reviews Endocrinology
      (2019) Aug;15(8):489-498.

      2. Shi J, Zhang Y, Tan D, Zhang X, Yan M, Zhang Y, Franklin R, Shahbazi M, Mackinlay K, Liu S, Kuhle B, James ER, Zhang L, Qu Y, Zhai Q, Zhao W, Zhao L, Zhou C, Gu W, Murn J, Guo J, Carrell DT, Wang Y, Chen X, Cairns BR, Yang XL, Schimmel P, Zernicka-Goetz M, Cheloufi S, Zhang Y, Zhou T, Chen Q . PANDORA-seq expands the repertoire of regulatory small RNAs by overcoming RNA modifications.Nature Cell Biology(2021) Apr;23(4):424-436.

      3. Shi J, Zhang X, Cai C, Liu S, Yu J, James E, Liu L, Emery B, McMurray Bires M, Torres-Arce E, Rawal H, Ramsay J, Kunisaki J, Zhou C, Milstone DS, Patti ME, Yang X, Jenkins T, Quinlan AR , Cairns BR, Schimmel P, Hotaling JM, Aston KI, Zhou T, Chen Q . Conserved shifts in sperm small non-coding RNA profiles during mouse and human aging.

      The EMBO Journal
      (2026) DOI: 10.1038/s44318-025-00687-8

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