上海
有了DeepSeek，現(xiàn)在分析芯片數(shù)據(jù)、常規(guī)轉(zhuǎn)錄和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，越來越容易！果友在分析GSE23475的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)只能拿到芯片的表達(dá)數(shù)據(jù)和分組信息，但是無法獲得探針信息，也就是說，無法通過常用的辦法獲得基因名稱。我們做了下嘗試。
這是韓國人2011年一篇文獻(xiàn)里的胃癌數(shù)據(jù)，總共26個(gè)樣本。由于探針平臺(tái)GPL10982沒有提供探針和基因?qū)?yīng)關(guān)系的信息，導(dǎo)致基因信息無法獲取。韋恩圖、熱圖和表格展示胃癌腫瘤組織和對(duì)照組織中的差異基因。
我們用UCSC網(wǎng)站上的參比注釋文件，獲得了基因信息，做了差異分析。
有些差異基因是跟文獻(xiàn)對(duì)應(yīng)的，有的不匹配。主要是參比文獻(xiàn)有些過時(shí)。這種情況下，反過來做似乎更好，那就是先做差異分析，然后將差異基因的ID信息與參比文件做比對(duì)。這樣得到的差異基因應(yīng)該更多！這種方法在GEO官網(wǎng)上即可實(shí)現(xiàn)——GEO2R。
最后下載差異基因列表，進(jìn)行ID轉(zhuǎn)換，也是辦法。不過，還是需要探針I(yè)D轉(zhuǎn)換。參比文件在UCSC官網(wǎng)：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/
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