壓力會悄悄改變細(xì)胞記憶？Nature最新揭示應(yīng)激通過組蛋白H3泛素化調(diào)控異染色質(zhì)遺傳機(jī)制

異染色質(zhì)是一種“沉默”的染色質(zhì)狀態(tài)，靠組蛋白H3第9位賴氨酸的甲基化（H3K9me）來標(biāo)記并能在細(xì)胞分裂中傳給后代，幫助細(xì)胞穩(wěn)定身份、關(guān)閉不需要的基因，還能應(yīng)對環(huán)境壓力。

基于此，2026年1月7日，美國國立衛(wèi)生研究院國家癌癥研究所Shiv I. S. Grewal研究團(tuán)隊在《Nature》雜志發(fā)表了“Stress controls heterochromatin inheritance via histone H3 ubiquitylation”揭示了應(yīng)激通過組蛋白H3的泛素化調(diào)控異染色質(zhì)的遺傳。

本研究揭示了一個依賴泛素化的“異染色質(zhì)遺傳調(diào)控樞紐”（HRH），其核心因子Raf1作為ClrC泛素連接酶的底物受體，通過劑量依賴性促進(jìn)組蛋白H3K14泛素化（H3K14ub）驅(qū)動異染色質(zhì)的自我傳播，即使在缺乏組蛋白去乙酰化酶活性時仍有效。HRH與NMD、TOR等環(huán)境響應(yīng)通路相連，使細(xì)胞能通過增強(qiáng)異染色質(zhì)傳播來適應(yīng)高溫或獲得抗真菌藥物耐藥性。該發(fā)現(xiàn)表明，異染色質(zhì)的維持可被外界信號主動調(diào)控，為理解表觀遺傳在生理和疾病中的快速重塑提供了新機(jī)制。

圖一 NMD組分的缺失可挽救異染色質(zhì)擴(kuò)散缺陷

裂殖酵母中的ClrC復(fù)合物類似于人類的CUL4–DDB1–DDB2泛素連接酶，其中Raf1是類似DDB2的底物受體，含有兩個保守的WDxR基序。為研究其功能，作者構(gòu)建了兩個Raf1點突變株（raf1??1?? 和 raf1?????）并用一個靈敏的報告系統(tǒng)檢測異染色質(zhì)沉默效果。

結(jié)果顯示：兩個突變都完全喪失對遠(yuǎn)端mat區(qū)域（REIIΔ）的沉默能力，細(xì)胞在碘蒸氣下呈深棕色（表示異常減數(shù)分裂）且ura4+報告基因去抑制；但在靠近成核位點cenH的位置（Kint2::ura4+），raf1??1?? 導(dǎo)致整個mat區(qū)H3K9me3大幅下降，而 raf1????? 仍能在cenH附近維持H3K9me3，卻無法將其擴(kuò)展到鄰近區(qū)域，說明該突變特異性破壞異染色質(zhì)“傳播”，而非“起始”。為找出能修復(fù)這一缺陷的因子，作者進(jìn)行了遺傳篩選，發(fā)現(xiàn)三個抑制突變均位于無義介導(dǎo)的mRNA降解（NMD）通路基因（upf1 或 esl1/ebs1）。敲除upf1或esl1后，raf1?????的沉默缺陷被明顯挽救：H3K9me3和Swi6（HP1同源物）在mat區(qū)和亞端粒區(qū)域重新積累，但著絲粒區(qū)域不受影響（因其依賴RNAi通路，不依賴Raf1傳播）。

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Raf1的特定結(jié)構(gòu)域（R576位點）對異染色質(zhì)的擴(kuò)展至關(guān)重要；當(dāng)它受損時，抑制NMD通路可恢復(fù)異染色質(zhì)傳播，揭示了mRNA質(zhì)量監(jiān)控通路與表觀遺傳調(diào)控之間的意外聯(lián)系。

圖二 NMD機(jī)制調(diào)控ClrC亞基Raf1的表達(dá)

為弄清為什么抑制NMD通路能修復(fù)raf1?????突變導(dǎo)致的異染色質(zhì)傳播缺陷，作者首先排除了“NMD缺失增強(qiáng)RNAi”的可能性，因為即使在沒有RNAi關(guān)鍵因子Ago1的情況下，沉默功能仍能恢復(fù)且小RNA水平未增加。

進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)：raf1 mRNA本身是NMD通路的直接靶標(biāo)。

raf1 mRNA含有一個隱蔽、剪接效率低的內(nèi)含子，容易被NMD識別并降解；在NMD缺陷（如upf1Δ）細(xì)胞中，raf1 mRNA和Raf1蛋白水平顯著升高；RNA免疫沉淀證實Upf1直接結(jié)合raf1 mRNA；不僅raf1?????突變體，連野生型raf1的表達(dá)也受NMD抑制，說明raf1是NMD的天然調(diào)控對象。

更關(guān)鍵的是，raf1?????突變本身并不破壞Raf1的功能，而是導(dǎo)致其mRNA不穩(wěn)定、蛋白表達(dá)量降低。當(dāng)通過外源過表達(dá)將Raf1?????蛋白提升到正常水平時，異染色質(zhì)沉默和H3K9me3擴(kuò)展完全恢復(fù)，效果與過表達(dá)野生型Raf1相當(dāng)。

此外，篩選還發(fā)現(xiàn)另一個剪接因子突變sap49?1???也能上調(diào)Raf1表達(dá)并挽救異染色質(zhì)缺陷，提示剪接效率影響raf1 mRNA穩(wěn)定性并與NMD協(xié)同調(diào)控Raf1豐度。

NMD通路通過降解含隱蔽內(nèi)含子的raf1 mRNA，限制Raf1蛋白水平；而Raf1劑量直接決定異染色質(zhì)能否有效傳播。因此，NMD并非間接影響表觀遺傳，而是通過精準(zhǔn)調(diào)控Raf1這一關(guān)鍵因子的表達(dá)，成為異染色質(zhì)動態(tài)調(diào)控的重要開關(guān)。

圖三 Raf1劑量通過H3K14泛素化調(diào)控異染色質(zhì)傳播

作者發(fā)現(xiàn)，Raf1是調(diào)控異染色質(zhì)傳播的關(guān)鍵劑量依賴性因子。作為ClrC泛素連接酶復(fù)合物的底物受體，Raf1通過其WD結(jié)構(gòu)域直接結(jié)合Clr4（SUV39H同源物）促進(jìn)Clr4整合入復(fù)合物，并增強(qiáng)ClrC在染色質(zhì)上的穩(wěn)定結(jié)合與駐留時間。

提高Raf1水平（如過表達(dá)或敲除NMD通路）不僅增加ClrC焦點數(shù)量和強(qiáng)度，還顯著提升組蛋白H3第14位賴氨酸的單泛素化（H3K14ub）。ChIP-seq顯示，H3K14ub特異性富集于所有主要異染色質(zhì)區(qū)域且完全依賴Raf1；而該修飾可激活Clr4的甲基轉(zhuǎn)移酶活性，驅(qū)動H3K9me3的積累與擴(kuò)散。

進(jìn)一步實驗表明，當(dāng)泛素結(jié)合酶Ubc4突變（ubc4-1）導(dǎo)致H3K14ub缺失時，盡管H3K9me3可在成核位點起始卻無法向外擴(kuò)展，基因沉默失效且Raf1過表達(dá)也無法挽救。這證明H3K14ub是“讀取-寫入”循環(huán)中不可或缺的激活信號。

綜上，Raf1通過組裝ClrC復(fù)合物和催化H3K14ub雙重機(jī)制驅(qū)動異染色質(zhì)傳播，其表達(dá)受NMD通路調(diào)控，使細(xì)胞能動態(tài)適應(yīng)環(huán)境變化。

圖四 Raf1作為DCAF介導(dǎo)的H3K14泛素化揭示了一條異染色質(zhì)傳播的新通路

異染色質(zhì)通常需要Clr3這種“去乙酰化酶”來維持穩(wěn)定，它通過清除H3K14上的乙酰基，幫助保留足夠的H3K9甲基化（H3K9me3），讓沉默信號能持續(xù)傳遞。一旦缺失Clr3，異染色質(zhì)就“散架”基因沉默失效。

但作者發(fā)現(xiàn)，只要提高Raf1的量（比如關(guān)閉NMD通路或人為過表達(dá)）就能“繞過”Clr3的缺失：不僅恢復(fù)關(guān)鍵的H3K14泛素化（H3K14ub），還讓H3K9me3重新鋪滿整個沉默區(qū)域，使基因再次被有效關(guān)閉。

這種修復(fù)不靠抑制已知的“抗沉默因子”Epe1，而是一條全新路徑。更重要的是，在多種不同原因?qū)е碌漠惾旧|(zhì)缺陷中（如組蛋白突變、染色質(zhì)重塑因子缺失等），提升Raf1都能“救場”。

最有力的證據(jù)來自一個巧妙實驗：科學(xué)家先用人工方法在特定基因上“種下”沉默標(biāo)記，然后撤掉人工工具。正常細(xì)胞很快失去沉默；但Raf1水平高的細(xì)胞，卻能把沉默狀態(tài)穩(wěn)定傳給后代，說明Raf1增強(qiáng)了異染色質(zhì)的“自我復(fù)制”能力。

通俗說：Raf1就像給異染色質(zhì)裝上了“自動巡航”系統(tǒng)，即使缺少傳統(tǒng)維護(hù)工具（如Clr3），只要Raf1夠多，沉默信號也能自己延續(xù)下去。

總結(jié)

這項研究揭示，HRH通路通過Raf1和H3K14泛素化，為異染色質(zhì)裝上了“環(huán)境感應(yīng)器”。從真菌抗藥到植物抗旱，再到哺乳動物應(yīng)對壓力與疾病，這一機(jī)制可能是生命在多變世界中快速適應(yīng)的通用表觀遺傳“快捷鍵”。

文章來源

https://doi.org/10.1038/s41586-025-09899-8

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