400+成果，覆蓋8大研究方向！這個(gè)高分利器你竟然還沒用？

作為全球領(lǐng)先的亞細(xì)胞級(jí)分辨率空間組學(xué)技術(shù)，Stereo-seq不僅在方法學(xué)上持續(xù)精進(jìn)，更在基礎(chǔ)科研、臨床轉(zhuǎn)化與工具開發(fā)等多維度產(chǎn)出一系列重磅突破。截至2025年12月31日，Stereo-seq已助力全球科研人員發(fā)表研究文章463篇（含數(shù)據(jù)引用文章和預(yù)印文章）。

從發(fā)文結(jié)構(gòu)來看，Stereo-seq成果覆蓋生長(zhǎng)發(fā)育、腦科學(xué)、疾病研究、再生醫(yī)學(xué)、植物科學(xué)、生命演化及生物信息工具等多個(gè)方向，展現(xiàn)出強(qiáng)大的技術(shù)普適性。

從影響因子上看，基于Stereo-seq產(chǎn)出的研究成果，影響因子大于20的占比達(dá)到20%，多項(xiàng)研究更是登上Cell、Nature、Science等期刊，充分彰顯了Stereo-seq在高分辨率解析生命時(shí)空動(dòng)態(tài)規(guī)律方面的重要作用。

在此，我們特別整理了2025年基于Stereo-seq開展的部分關(guān)鍵研究，以及支撐時(shí)空轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的算法工具，期待這份“生命科學(xué)知識(shí)大禮包”，助力您的科研之路迸發(fā)更多新思路。

技術(shù)基石持續(xù)夯實(shí)：從“看見”到“看清、看懂”

2025年，時(shí)空組學(xué)技術(shù)迎來重要更新，Stereo-seq V2方法學(xué)文章在Cell正式發(fā)表，實(shí)現(xiàn)了對(duì)FFPE樣本的高分辨率全轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)，為臨床研究提供了更強(qiáng)大的底層工具支撐。同時(shí)，時(shí)空轉(zhuǎn)錄組FFPE V1.1煥新發(fā)布，為海量的臨床存檔樣本打開了高分辨率空間分析的大門，極大拓展了技術(shù)的應(yīng)用邊界。

Stereo-seq V2圖形摘要

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生信分析工具是挖掘時(shí)空數(shù)據(jù)寶藏的“鑰匙”。2025年，時(shí)空組學(xué)領(lǐng)域多款關(guān)鍵算法工具發(fā)布。發(fā)表在 Cell Systems上的空間算法工具SpaTrack，可充分整合細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組和空間信息，構(gòu)建細(xì)胞分化的動(dòng)態(tài)軌跡。發(fā)表在Nature Communications上的時(shí)空組學(xué)分析工具Stereopy，可系統(tǒng)性地解決多樣本空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析的難題。

發(fā)表在Briefings in Bioinformatics上的算法工具StereoMM，通過深度學(xué)習(xí)框架開創(chuàng)性地實(shí)現(xiàn)了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與病理特征的融合，可實(shí)現(xiàn)對(duì)空間域的精確識(shí)別，并在患者分類任務(wù)中展現(xiàn)出良好的判別性能。

這些工具的井噴式發(fā)展，為解析復(fù)雜時(shí)空數(shù)據(jù)提供了有力保障。值得一提的是，2022年在Cell發(fā)表的Stereo-seq方法學(xué)文章影響力持續(xù)擴(kuò)大，被引用次數(shù)已超過1400次。

生命起源與發(fā)育解碼：繪制從胚胎到器官的“時(shí)空?qǐng)D譜”

理解生命如何從單個(gè)細(xì)胞發(fā)展為復(fù)雜個(gè)體，是發(fā)育生物學(xué)長(zhǎng)期關(guān)注的基本科學(xué)問題與研究目標(biāo)。2025年，Stereo-seq助力科學(xué)家們以前所未有的清晰度描繪了這一過程。

胚胎發(fā)育全景揭秘：2025年6月，研究人員利用Stereo-seq成功構(gòu)建全球首個(gè)單細(xì)胞精度的小鼠“3D數(shù)字胚胎”，并首次揭示了影響小鼠心臟、前腸等器官原基發(fā)育的關(guān)鍵信號(hào)。該研究成果為哺乳動(dòng)物早期器官發(fā)育提供重要參考圖譜，更為先天性心臟病等出生缺陷防治提供基礎(chǔ)科學(xué)依據(jù)，相關(guān)成果在Cell發(fā)布。

研究團(tuán)隊(duì)構(gòu)建的小鼠“3D數(shù)字胚胎”

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器官再生與修復(fù)探索：在再生醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，2025年4月，研究人員通過Stereo-seq等技術(shù)，首次構(gòu)建了斑馬魚心臟再生全過程的高分辨率時(shí)空動(dòng)態(tài)圖譜，詳細(xì)刻畫了心肌細(xì)胞從響應(yīng)損傷到完成再生的全周期動(dòng)態(tài)細(xì)胞生物學(xué)過程，為心臟再生醫(yī)學(xué)研究提供了突破性理論框架與資源平臺(tái)。

此外，2025年6月，研究人員基于Stereo-seq技術(shù)和高通量測(cè)序平臺(tái)DNBSEQ-T10，首次發(fā)現(xiàn)Aldh1a2基因的表達(dá)不足導(dǎo)致的視黃酸合成不足是高等哺乳動(dòng)物小鼠耳廓再生失敗的核心機(jī)制。在激活該基因后，小鼠耳廓實(shí)現(xiàn)再生。這為深入理解進(jìn)化過程中哺乳動(dòng)物的再生能力丟失提供了新的見解，并為再生醫(yī)學(xué)和人類受損器官的重建與再生提供了重要靶標(biāo)，相關(guān)成果在Science發(fā)布。

哺乳動(dòng)物再生能力的演化

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腦科學(xué)與神經(jīng)領(lǐng)域：揭開“最復(fù)雜器官”的層層面紗

大腦的復(fù)雜性遠(yuǎn)超想象，而空間異質(zhì)性是其核心特征。2025年，Stereo-seq在腦科學(xué)領(lǐng)域斬獲關(guān)鍵進(jìn)展，助力介觀腦圖譜大科學(xué)協(xié)作成果取得多項(xiàng)重要突破。

聚焦意識(shí)“中樞”：意識(shí)從何而來？諾貝爾獎(jiǎng)得主Francis Crick曾指出，屏狀核是意識(shí)產(chǎn)生的關(guān)鍵區(qū)域。2025年，研究人員基于Stereo-seq構(gòu)建了全球首個(gè)非人靈長(zhǎng)類屏狀核多模態(tài)圖譜，揭示了獼猴與嚙齒類動(dòng)物的屏狀核結(jié)構(gòu)、細(xì)胞類型和分布存在顯著性差異，首次證實(shí)了屏狀核不同功能區(qū)內(nèi)富含特異的神經(jīng)元，為理解人類意識(shí)產(chǎn)生的進(jìn)化機(jī)制提供了新的研究思路，也為語言、精神類疾病的研究和治療提供了潛在靶點(diǎn)。相關(guān)研究以封面文章形式在Cell發(fā)表。

Cell 封面

解碼“記憶橡皮擦”：阿爾茨海默病的早期診斷是全球醫(yī)學(xué)界面臨的重大挑戰(zhàn)，2025年，研究團(tuán)隊(duì)繪制了全球首個(gè)阿爾茨海默病患者海馬體的單細(xì)胞分辨率“時(shí)空?qǐng)D譜”，精準(zhǔn)解析了阿爾茨海默病患者海馬體不同功能分區(qū)的細(xì)胞組成、基因表達(dá)模式及其空間分布。本研究不僅揭示了阿爾茨海默病發(fā)生的關(guān)鍵分子機(jī)制，還發(fā)現(xiàn)了具有診斷價(jià)值的血液標(biāo)志物，為臨床提供了更便捷、精準(zhǔn)的診斷工具。相關(guān)成果以封面文章形式發(fā)表于Neuron。

Neuron 封面

疾病研究與臨床轉(zhuǎn)化：精準(zhǔn)定位腫瘤、免疫與感染的“戰(zhàn)場(chǎng)”

疾病研究是時(shí)空組學(xué)技術(shù)展現(xiàn)臨床價(jià)值的核心方向。2025年，Stereo-seq助力研究人員在多種疾病研究中取得了關(guān)鍵進(jìn)展。

腫瘤免疫多維組學(xué)解析： 憑借“納米級(jí)分辨率”和“厘米級(jí)全景視場(chǎng)”，Stereo-seq技術(shù)為腫瘤微環(huán)境研究提供了前所未有的空間維度洞察。2025年1月，針對(duì)被稱為“兒童腫瘤之王”的神經(jīng)母細(xì)胞瘤（NB），研究人員利用Stereo-seq技術(shù)發(fā)現(xiàn)，其腫瘤微環(huán)境中配體分子CD112/CD155的表達(dá)存在異質(zhì)性，這為開發(fā)新的神經(jīng)母細(xì)胞瘤免疫療法提供了理論依據(jù)。

2025年4月，研究人員利用Stereo-seq等技術(shù)首次繪制出肝細(xì)胞癌中三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)（TLS）的全景發(fā)育圖譜，為肝細(xì)胞癌及其它癌癥的早期診斷和新型免疫治療方案的開發(fā)提供重要參考。

2025年10月，研究人員基于Stereo-seq等技術(shù)，系統(tǒng)繪制了食管鱗癌促轉(zhuǎn)移腫瘤微環(huán)境（TME）的單細(xì)胞空間圖譜，鑒定出一個(gè)由轉(zhuǎn)錄因子PRRX1驅(qū)動(dòng)、具有顯著免疫抑制功能的GPR116?周細(xì)胞亞群，為未來臨床干預(yù)提供了新策略。

自主開發(fā)的TLS鑒定流程，在肝細(xì)胞癌組織中原位鑒定TLS

這些研究，正在從空間維度上重新解析腫瘤內(nèi)部不同的免疫功能區(qū)域，為發(fā)現(xiàn)新的免疫治療生物標(biāo)志物和設(shè)計(jì)聯(lián)合療法提供了堅(jiān)實(shí)的理論依據(jù)。

感染與免疫應(yīng)答的空間解碼：在感染與免疫領(lǐng)域，Stereo-seq技術(shù)能夠精確刻畫免疫細(xì)胞的時(shí)空行為。2025年2月，研究人員基于Stereo-seq和snRNA-seq技術(shù)，在CVB3病毒感染的小鼠模型中繪制出暴發(fā)性心肌炎（FM）時(shí)空動(dòng)態(tài)基因圖譜，精確地界定了感染區(qū)域以及空間細(xì)胞間的相互作用模式，為分析FM的發(fā)病機(jī)制提供了新的視角，并為開發(fā)新的治療策略奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。

2025年5月，在包蟲病（俗稱“蟲癌”）的研究中，研究人員利用Stereo-seq技術(shù)，解析了感染小鼠肝臟病灶內(nèi)免疫細(xì)胞的空間分布格局與動(dòng)態(tài)應(yīng)答過程，為開發(fā)泡型包蟲病早期診斷標(biāo)志物和靶向治療策略提供了關(guān)鍵理論依據(jù)。

暴發(fā)性心肌炎（FM）小鼠的時(shí)空發(fā)育圖譜

跨物種與進(jìn)化生物學(xué)：從植物到動(dòng)物的生命“多樣性之歌”

Stereo-seq的應(yīng)用遠(yuǎn)不止于人類和哺乳動(dòng)物，2025年其在多物種研究中也展現(xiàn)了巨大潛力。

植物科學(xué)邁入空間時(shí)代：2025年2月，Stereo-seq助力研究人員繪制首個(gè)國(guó)產(chǎn)大豆全生命周期器官發(fā)育時(shí)空?qǐng)D譜，首次實(shí)現(xiàn)了大豆基因表達(dá)在發(fā)育階段、細(xì)胞類型和空間定位的精準(zhǔn)解析，為破解大豆器官發(fā)育機(jī)制提供了里程碑式資源。

2025年4月，Stereo-seq助力研究人員首次構(gòu)建植物發(fā)育花芽時(shí)空?qǐng)D譜并重建其細(xì)胞譜系，深化了對(duì)被子植物生殖器官演化的理解。2025年4月，研究人員利用Stereo-seq和DNBelab C4等技術(shù)，在單細(xì)胞水平上解密了迄今最完整的擬南芥葉片衰老的過程，相關(guān)成果在Cell發(fā)布。

擬南芥單細(xì)胞圖譜

生命演化與物種比較： 2025年5月，Stereo-seq助力研究人員構(gòu)建了羊膜類跨物種單細(xì)胞圖譜，系統(tǒng)揭示了爬行類、鳥類與哺乳類大腦細(xì)胞類型的保守性與多樣性演化規(guī)律。

2025年4月，Stereo-seq助力研究人員解析了蜜蜂社會(huì)行為分化過程中基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的空間異質(zhì)性，構(gòu)建了行為可塑性與大腦調(diào)控之間的聯(lián)系模型，為深入理解昆蟲社會(huì)行為背后的分子機(jī)制提供了系統(tǒng)框架，也為理解復(fù)雜行為如何由分子機(jī)制精細(xì)調(diào)控提供了新范式。

回望2025，每一項(xiàng)成果的背后，都是全球科學(xué)家們對(duì)生命奧秘的不懈探索，也是對(duì)Stereo-seq技術(shù)能力的極致驗(yàn)證。從技術(shù)革新到科學(xué)發(fā)現(xiàn)，從基礎(chǔ)研究到臨床轉(zhuǎn)化，華大時(shí)空組學(xué)正以前所未有的速度和精度，推動(dòng)著生命科學(xué)各領(lǐng)域的范式變革。

展望2026，隨著技術(shù)的不斷成熟、分析工具的日益智能以及全球合作網(wǎng)絡(luò)的進(jìn)一步擴(kuò)大，Stereo-seq將繼續(xù)引領(lǐng)空間組學(xué)的發(fā)展，助力研究人員在生命發(fā)育、腦科學(xué)、疾病研究、植物研究等領(lǐng)域取得更多創(chuàng)新成果。

對(duì)時(shí)空組學(xué)或單細(xì)胞組學(xué)整體解決方案感興趣的老師，可選擇以下方式和我們聯(lián)系，我們將及時(shí)為您進(jìn)行詳細(xì)的介紹：

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