廣東
近日，福建農林大學海峽聯合研究院朱方捷教授團隊合作在《Nucleic Acids Research》期刊上發表題為“The specificity landscape of WRKY transcription factors reveals the bidirectional influence of non-CG methylation”的研究成果。福建農林大學生命科學學院博士研究生馬娜娜、碩士研究生蔣定坤、未來技術學院博士研究生李甜、浙江大學博士后羅琳為該論文共同第一作者。福建農林大學海峽聯合研究院朱方捷教授、生命科學學院郭洪洪講師、上海精準醫學研究院黃晶研究員為該論文的共同通訊作者。
DNA甲基化是最早被鑒定的表觀修飾。動物基因組中DNA甲基化通常發生于CG二核苷酸，然而，植物中除CG甲基化外，還存在大量非CG甲基化（CHG和CHH，H=A/G/T）。非CG甲基化對植物轉座子沉默至關重要，同時也常見于啟動子區（如CHH island）。前期研究認為，非CG甲基化抑制轉錄因子（TF）結合。然而，該結論假設DNA甲基化不改變TF序列特異性（即不改變TF基序），假設未必成立。
該研究開發了高通量全甲基化系統進化技術methyl-SELEX與methyl-ampDAP-seq，并利用其構建了54個WRKY家族轉錄因子的461個順式元件組文庫。數據分析表明，非CG甲基化可顯著改變WRKY轉錄因子的序列特異性，且甲基化對WRKY親和力的調控具明顯雙向性——取決于結合模式、位置、以及具體WRKY因子的特性，非CG甲基化既可抑制、也可促進WRKY家族轉錄因子的結合。同時，本工作也提供了目前最完整的WRKY家族順式元件組數據集并建立了WRKY的數據庫WRCD（http://transysbio.cn/WRKYRCDB.php）進一步促進數據共享。
非CG甲基化既可促進、也可抑制WRKY結合
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