NBT：中國科學家提出RNA適配體進化新范式，CRISmers+GRAPE-LM實現(xiàn)RNA適配體的一輪進化與生成！

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核酸適配體由諾獎得主Jack Szostak命名，是一類短的單鏈DNA或RNA寡核苷酸。

核酸適配體能夠折疊形成特定三維結構，并以“結構分子”的方式高親和力結合蛋白或小分子，從而具備開發(fā)成為核酸藥物和診斷探針的潛力(1, 2)。

然而，適配體的發(fā)現(xiàn)長期依賴指數(shù)富集的配體系統(tǒng)進化技術（SELEX），通常需要多輪、強人工參與的篩選與優(yōu)化；更關鍵的是，在體外簡化條件下獲得的適配體，親和力和特異性常常不高，限制了其開發(fā)成核酸藥物和探針的潛力(3)。

中國科學院深圳先進技術研究院王宇課題組在既往工作中提出CRISmers，將適配體篩選從溶液和細胞表面體系推進到細胞內環(huán)境，使篩選過程天然包含內源生物學機制，體現(xiàn)了內源折疊構象、相互作用特異性、充分的分子競爭等關鍵變量，從源頭提升生物學相關性(4, 5)。

在CRISmers篩選體系中，每個細胞作為一個獨立的物理微單元，其作用類似于微流控液滴，能夠有效隔離不同分子間的交叉反應，從而顯著降低背景噪音。與此同時，該系統(tǒng)以細胞存活等表型變化作為功能性的篩選輸出方式，相較于傳統(tǒng)的體外親和力篩選，其功能相關性也同時得到了顯著提升。這些工作此前發(fā)表于Advanced Science和Advanced Healthcare Materials。

不過，胞內篩選面臨“遞送與細胞數(shù)量”帶來的通量上限：以CRISmers為代表的胞內篩選體系，文庫規(guī)模受轉染/遞送效率與細胞攝入能力限制，可能錯過大量潛在有效序列。也正是在這一瓶頸處，AI驅動的“數(shù)字進化”開始展現(xiàn)決定性價值。

在最新工作中，王宇團隊進一步提出GRAPE-LM，將“胞內篩選數(shù)據(jù)”與“核酸語言模型”耦合為一條端到端的一輪式高效進化路徑：模型以Transformer條件自編碼器為骨架，融合核酸語言模型，并由CRISmers在胞內環(huán)境產(chǎn)生的篩選數(shù)據(jù)提供“活性引導”，實現(xiàn)RNA適配體的一輪進化與生成（6）。在GRAPE-LM中，活性引導機制將模型推向更高活性的方向，預訓練核酸語言模型用于提出合理的高質量候選序列。該框架在三類跨度顯著的靶標上完成驗證：人T細胞受體CD3ε、SARS-CoV-2刺突蛋白RBD，以及人源致癌轉錄因子c-Myc（胞內無序蛋白）。

更重要的是，GRAPE-LM將“實驗進化”從傳統(tǒng)的多輪循環(huán)，重構為“物理進化+數(shù)字優(yōu)化”的兩階段：第一階段由CRISmers在細胞內完成一輪篩選，第二階段由語言模型在更大序列空間中進行數(shù)字化優(yōu)化與外推；在三類靶標上，僅用“一輪”即可獲得優(yōu)于既往SELEX 6–16輪所得到的適配體的先導序列。

這種效率躍遷也體現(xiàn)在起始文庫需求上：CRISmers+GRAPE-LM路線可在約10^8規(guī)模的起始文庫上工作，而經(jīng)典SELEX常需要10^14–10^16量級；換言之，前者僅需后者約百萬分之一到億分之一的初始文庫規(guī)模。

在CRISmers+GRAPE-LM的新范式中，CRISPR脫離了基因編輯的框架，在這里扮演的是“高保真胞內RNA數(shù)據(jù)發(fā)動機”，捕獲SELEX等體外方法難以復現(xiàn)的胞內內源生物學機制；而GRAPE-LM則通過外推有限起始文庫，補足CRISmers通量受限的短板，并且引導生成更高活性RNA適配體。

這一工作僅僅將CRISmers和GRAPE-LM兩個工具使用一次。面向未來，多輪迭代有望進一步提升分子質量和成藥性。此外，GRAPE-LM僅僅應用了語言模型，物理模型的加入有望實現(xiàn)生成能力的進一步加強。該技術路線也已成功用于多肽分子的高效發(fā)現(xiàn)，并與某知名藥企合作開展藥物開發(fā)（未發(fā)表結果）。

在與王宇的通訊中，領域開創(chuàng)者Jack Szostak評價CRISmers和GRAPE-LM的工作“非常有創(chuàng)造性，令人印象深刻”（“very creative and impressive”）。在論文審稿過程中，審稿人評價該工作“超級創(chuàng)新”（“super innovative”），并被編輯團隊選為亮點論文，邀請作者發(fā)表Research Briefing介紹論文成果和研究歷程（7）。同時，Nature Biotechnology編輯團隊發(fā)表評論，表達了對這項工作的“興奮”(“exciting”)。

深圳大學人工智能學院助理教授張軍和中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所助理研究員張菊為該論文的共同第一作者；中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所王宇研究員為通訊作者，天津大學藥學院張陽教授和張軍助理教授為共同通訊作者。唐少軒、劉傳承、蔡雨珊、曾浩、孟翔杰、柳貝為參與作者，對本項工作做出重要貢獻。本項工作得到了國家自然科學基金、重點研發(fā)計劃等項目的大力支持。

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參考文獻：

1. Z. Du, X. Q. Wu, Y. Dang, Q. Wu, T. Fu, L. He, X. Q. Wang, S. Mou, X. H. Fang, F. L. Qu, W. H. Tan, Molecular bioengineering of functional nucleic acids. Nat Rev Bioeng, (2025). https://doi.org/10.1038/s44222-025-00361-y

2. A. D. Ellington, J. W. Szostak, In vitro Selection of RNA Molecules That Bind Specific Ligands. Nature 346, 818-822 (1990). doi: 10.1038/346818a0.

3. C. Tuerk, L. Gold, Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment - RNA Ligands to Bacteriophage-T4 DNA-Polymerase. Science 249, 505-510 (1990). doi: 10.1126/science.2200121.

4. J. Zhang, A. R. Zhu, M. Mei, J. Qu, Y. L. Huang, Y. S. Shi, M. Y. Xue, J. F. Zhang, R. L. Zhang, B. Zhou, X. Tan, J. C. Zhao, Y. Wang, Repurposing CRISPR/Cas to Discover SARS-CoV-2 Detecting and Neutralizing Aptamers. Adv Sci 10, e2300656 (2023). doi: 10.1002/advs.202300656.

5. J. Zhang, A. R. Zhu, S. X. Wei, Y. S. Shi, C. J. Chen, T. Huang, T. Tang, J. X. Zhao, Y. S. Cai, C. S. Han, J. C. Zhao, Y. Wang, Identification of Pan-Coronavirus Neutralizing Aptamers Through CRISmers Targeting the Conserved Fusion Peptide. Adv Healthc Mater 14, e2501869 (2025). doi: 10.1002/adhm.202501869.

6. J. Zhang, J. Zhang, S. X. Tang, C. C. Liu, Y. S. Cai, H. Zeng, X. J. Meng, B. Liu, Y. Zhang, Y. Wang, Single-round evolution of RNA aptamers with GRAPE-LM. Nat Biotechnol, (2026). doi: 10.1038/s41587-026-03007-5

7. J. Zhang, Y. Zhang, Y. Wang, Generative AI powered by nucleic acid language model enables one-round evolution of RNA aptamers. Nat Biotechnol, (2026). doi: 10.1038/s41587-026-03008-4

責任編輯丨BioTalker