四川
谷歌DeepMind和Isomorphic Labs合作，祭出了藥物設計之王。
剛剛，IsoDDE橫空出世，一夜成為全球最強藥物設計AI，取得重大突破。
相較于AlphaFold 3、Boltz-2，IsoDDE大幅提升了預測準確性。
在蛋白質-小分子配體測試中，IsoDDE的準確率超過 AlphaFold 3兩倍以上。
IsoDDE還能精準預測小分子結合親和力，精度超越了傳統基于物理的“金標準”，時間與成本卻僅為零頭。
不僅如此，僅憑氨基酸序列，IsoDDE就能準確識別靶點蛋白上的全新、可成藥的結合口袋。
這些標志著，AI正從理解生物分子的模型，進化為賦能真實藥物研發流程的「引擎」。
而打造IsoDDE的團隊，可謂大有來頭。
Isomorphic Labs，這家由谷歌孵化的AI制藥公司，第一次外部融資便募集了6億美元。
2024年，Isomorphic聯合DeepMind共同發布了AlphaFold3，可以預測所有生命分子的結構和相互作用，成為藥物研發的革命性工具。
目前，公司已經與諾華、禮來和強生等藥企巨頭在藥物研發上達成重要合作，總金額超過30億美元。
諾獎得主、Isomorphic Labs創始人Demis Hassabis更是放出豪言：「未來十年，AI將治愈所有疾病」。
IsoDDE的發布，正以將這一看似遙不可及的夢想變為現實。
最強AI制藥模型，開啟藥物研發新紀元
預測真正新穎的生物結構
精準預測生物分子及其相互作用的結構，將重塑藥物設計。
AlphaFold3曾徹底改變蛋白質-配體結構預測，
免費開放的AlphaFold 蛋白質數據庫，已被全球190多個國家、超300萬研究人員使用。
然而后續基準測試表明：對于與訓練樣本差異較大的結構，AlphaFold 3的精度差的多。
換句話說，它難以泛化到生物分子空間中未被探索的區域。
而這恰恰是藥物發現中最富潛力、也最具挑戰的未知領域。
IsoDDE在這里實現了質的飛躍。
在專為測試“新口袋+新配體”泛化能力設計的基準上，它在最難案例中的準確率是AlphaFold3的兩倍以上。
為復雜生物制劑打開新窗口
不僅如此，隨著療法從小分子向更加復雜的生物制劑（如抗體）拓展，精準建模抗體-抗原界面變得至關重要。
在這方面，IsoDDE也實現了顯著突破。
在高精度區間（DockQ > 0.8）的的全新抗體-抗原測試集上，IsoDDE的精度是AlphaFold 3的2.3倍，更是Boltz-2的19.8倍。
結合親和力預測的新“金標準”
知道三維結構只是第一步。
真正優化藥物，還需精準預測分子與靶點的結合強度（即結合親和力）。
傳統方法面臨兩難：
基于深度學習的方法速度快，但精度不足；基于物理的方法（如自由能微擾（FEP））精度高，卻計算昂貴、耗時，且嚴重依賴實驗解析的晶體結構。
而IsoDDE打破了這一困境。
在三大公開基準（FEP+4、OpenFE、CASP16 盲測任務）上，IsoDDE大幅領先所有現有深度學習方法。
甚至超越了FEP等物理方法，并且無需任何實驗結構輸入。
拓展更多可成藥蛋白質
在沒有已知配體的情況下，識別蛋白質上所有潛在的結合口袋，意義非常重大。
這將為針對全新的“不可成藥”靶點的藥物研發打開突破口。
IsoDDE正具備這種強大能力。
即便與訓練集差異極大，IsoDDE仍能識別全新的、可成藥的口袋，性能接近實驗方法。
傳統實驗方法需耗費大量時間、資金，而IsoDDE 只需數秒即可完成計算。
以cereblon蛋白為例，過去15年，人們一直認為它只有一個主要成藥位點。
但2026年Dippon等人通過實驗，意外發現了一個全新的結合口袋。
而IsoDDE成功復現了這一發現：僅輸入cereblon序列，就準確預測出經典口袋與全新口袋的位置。
谷歌諾獎大佬創立，十年內治愈所有疾病
2021年，Isomorphic Labs從DeepMind拆分出來，成為谷歌母公司Alphabet的子公司。
盡管Isomorphic Labs與DeepMind在組織上保持獨立，但兩者仍保持著緊密的業務關聯和合作。
例如，Isomorphic Labs的創始人兼CEO，也是DeepMind的創始人兼CEO——Demis Hassabis。
Demis Hassabis被稱為“地球上最聰明的人之一”，8歲編寫出電腦游戲、13歲達到國際象棋大師級水平、20歲以雙優成績從劍橋大學計算機科學畢業，并在之后獲得神經學博士學位。
因在AI蛋白質結構預測和設計所做的貢獻，他與另兩位科學家一起被授予2024年諾貝爾化學獎。
Demis Hassabis曾放言“十年內，AI將治愈所有疾病”，而Isomorphic Labs正是為了這一目標而創立。
2024年1月，Isomorphic Labs宣布與禮來和諾華達成了兩項價值30億美元的藥物發現協議，一年后，諾華宣布進一步擴大了與Isomorphic Labs的合作范圍。
2024年5月，Isomorphic聯合DeepMind共同發布了AlphaFold3，可以預測所有生命分子的結構和相互作用，成為藥物研發的革命性工具。
今年1月，公司宣布與強生旗下的生物技術部門楊森制藥達成合作協議，將Isomorphic的AI設計引擎與楊森在藥物開發方面的專業知識相結合，共同進行"跨模式、多靶點研究合作"。
2025年3月，Isomorphic Labs宣布在第一次外部融資中籌集了6億美元，由Thrive Capital領投，GV參投，現有投資者谷歌母公司Alphabet跟投。
在Thrive Capital創始人Joshua Kushner看來，“Isomorphic Labs處在稀缺地位，將定義藥物發現和設計的新時代”。
在木頭姐的《Big Ideas 2025》報告中，也將Isomorphic Labs列為AI藥物研發領域的少數關鍵公司。
目前，Isomorphic Labs正在用AI創建一個通用的藥物設計引擎，不僅能用于單一靶點或單一藥物類型，更能反復應用于任何不同的疾病領域。
公司在內部藥物管線的開發上也頗為順利，Demis Hassabis此前表示，其首款AI設計藥物將很快進入臨床試驗。
—The End—
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